Micro-organismen in het wortelmilieu

Planten produceren veel wortel-exudaten (uitscheidingsproducten) tijdens de groei, bijvoorbeeld organische zuren en suikers, die vervolgens in het wortelmilieu terechtkomen. Gietwater dient regelmatig te worden onderzocht op fysisch-chemische eigenschappen, zoals EC, pH, totaal opgeloste koolstof, etc. In het water opgeloste organisch koolstof is een voedingsbron voor micro-organismen, zoals bacteriën en schimmels. De meeste micro-organismen in het wortelmilieu zijn niet schadelijk voor de plant, maar zijn juist belangrijk in het beschikbaar maken van nutriënten voor de plant. Er kunnen zich in het water echter naast nuttige micro-organismen ook ongewenste bacteriën en/of schimmels vestigen. Sporen van sommige plantpathogenen, zoals phytophthora, pythium en fusarium kunnen makkelijk worden verspreid met water. De microbiologische samenstelling van het giet- en recirculatiewater is daarom een belangrijke factor in preventie van infecties, zie ook 'ontsmetten drainwater'.